В 1989 году окончила Ленинградскую государственную консерваторию (научный руководитель — профессор Л. Г. Ковнацкая). Работает в Мемориальном музее-квартире Н. А. Римского-Корсакова с 1988 года (научный сотрудник), в качестве заведующей — с 2005 года. За время работы стала автором и куратором многочисленных концертных, лекционных и экскурсионных программ: с 2010 года — 24 выставок, в том числе цикла из 10 выставок, которые впервые представили в музее масштабное оперное наследие композитора.

Регулярно выступает на различных конференциях. Является автором и рецензентом музейных изданий и статей, автором-составителем каталогов выставок «Цвет времени», «Хрупкое прошлое», где были впервые опубликованы архивные материалы. Кроме того, Нина Костенко — автор каталога «Птичья азбука» к выставке «Музыка птиц». 

Находится в контакте с потомками Н. А. Римского-Корсакова, изучает неопубликованные материалы личных архивов. Ею впервые были опубликованы блокадные воспоминания внучки композитора Т. В. Римской-Корсаковой «Семейная хроника в письмах, воспоминаниях и документах». 

Ведёт научно-исследовательскую работу. В докладах и статье «Обретение века. Автограф партитуры оперы Н. А. Римского-Корсакова «Кащей бессмертный» впервые исследовала приобретённую для музея рукопись оперы Римского-Корсакова. Участвовала в подготовке публикации факсимиле рукописи оперы, осуществлённой издательством «Музыка» (2024). 

Являлась участником мероприятий, связанных с премьерой оперы «Сервилия» в Камерном театре имени Б. А. Покровского; тогда перед премьерным показом состоялась лекция Нины Костенко.